Mapbiomas Indonesia juga mengacu pada data sekunder yang terpercaya, legal, resmi, dan dapat diakses publik sebagai pertimbangan penting kami untuk proses analisis dan sebagai dukungan kami untuk keterbukaan informasi. Berikut ini adalah daftar referensi yang digunakan oleh Mapbiomas Indonesia.
| Data | Tahun | Sumber | Institusi |
| Batas Laut Teritorial | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Garis Pantai | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Pulau | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Provinsi | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Kabupaten / Kota | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Kecamatan | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Desa | 2021 | tanahair.indonesia.go.id | Kementerian Dalam Negeri |
| Ibu Kota Negara | 2023 | inarisk.bnpb.go.id | Nusantara Capital Authority |
| Kawasan Hutan | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Kawasan Konservasi | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Daerah Aliran Sungai (DAS). | 2018 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Peta Indikatif Penghentian Pemberian Izin Baru Hutan Alam Primer dan Lahan Gambut (PIPPIB) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Fungsi Ekosistem Gambut | 2018 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Hutan Adat | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Izin Pemanfaatan Hutan Sosial (IPHPS) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Persetujuan Pengelolaan Hutan Tanaman Rakyat (PPHTR) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Persetujuan Pengelolaan Hutan Desa (PPHD) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Persetujuan Pengelolaan Hutan Kemasyarakatan (PPHKm) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Persetujuan Kemitraan Kehutanan (PKK) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Pemanfaatan Hasil Hutan Kayu Budidaya Tanaman (PHHK-BT) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Pemanfaatan hasil Hutan Kayu yang Tumbuh Alami (PHHK-TA) | 2022 | sigap.menlhk.go.id | Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan |
| Wilayah Izin Usaha Pertambangan | 2022 | momi.minerba.esdm.go.id | Kementerian Energi dan Sumberdaya Mineral |
| Izin Perkebunan Sawit | 2022 | 1. Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan 2. Kementerian Agraria dan Tata Ruang / Badan Pertanahan Nasional 3. Pemerintahan Daerah |
